Hội đồng Cố vấn, Khoa học, Công nghệ và Quản lý của Viện đóng vai trò quan trọng trong việc định hướng và phát triển tổ chức. Họ tư vấn về chiến lược nghiên cứu, đánh giá dự án, hỗ trợ xây dựng kế hoạch phát triển khoa học công nghệ, và đưa ra ý kiến về quản lý vận hành. Đồng thời, Hội đồng cũng giúp kết nối Viện với các đối tác trong và ngoài nước, từ đó tăng cường khả năng hợp tác và mở rộng tầm ảnh hưởng của Viện trong lĩnh vực nghiên cứu công nghệ hỗ trợ nông nghiệp.
Ban Lãnh đạo và Kế toán trưởng của Viện ASTRI đóng vai trò then chốt trong việc điều hành và quản lý tổ chức. Ban Lãnh đạo chịu trách nhiệm hoạch định chiến lược phát triển, đưa ra các quyết định quan trọng, và giám sát hoạt động tổng thể của Viện; đảm bảo Viện hoạt động hiệu quả, đạt được các mục tiêu đề ra trong lĩnh vực nghiên cứu công nghệ hỗ trợ nông nghiệp. Kế toán trưởng, là một phần quan trọng của đội ngũ quản lý, chịu trách nhiệm quản lý tài chính, lập báo cáo tài chính, đảm bảo tuân thủ các quy định kế toán, và cung cấp thông tin tài chính chính xác để hỗ trợ quá trình ra quyết định của Ban Lãnh đạo.
Viện ASTRI có cơ cơ cấu tổ chức bao gồm các đơn vị chuyên môn và hỗ trợ như sau:
Ban Khoa học, Nghiên cứu và Chuyển giao Công nghệ: Định hướng chiến lược nghiên cứu của Viện; Tổ chức thực hiện các đề tài R&D trong lĩnh vực nông nghiệp, nông nghiệp số, AI, dữ liệu; Chuyển giao công nghệ cho địa phương, hợp tác xã, doanh nghiệp.
Ban Đổi mới sáng tạo và Ứng dụng Công nghệ số: Phát triển nền tảng số của Viện và các giải pháp công nghệ áp dụng thực tiễn; Xây dựng hệ sinh thái số phục vụ nông nghiệp số và TMĐT xuyên biên giới.
Ban Phát triển Dự án và Xúc tiến thương mại: Triển khai các dự án trọng điểm và thương mại hóa sản phẩm nghiên cứu; Kết nối thị trường, xúc tiến thương mại nông sản trong nước và xuyên biên giới.
Ban Đào tạo và Hợp tác Quốc tế: Thiết kế, tổ chức chương trình đào tạo; Kết nối hợp tác giáo dục – khoa học – doanh nghiệp trong nước và quốc tế.
Ban Tài chính - Kế hoạch: Hoạch định tài chính của Viện; Xây dựng kế hoạch hoạt động; Kiểm soát ngân sách.
Ban Tổ chức nhân sự: Phụ trách công tác tổ chức bộ máy, nhân sự, chế độ lao động.
Tạp chí điện tử Sinh thái Nông nghiệp: Cơ quan truyền thông, Tạp chí khoa học của Viện ASTRI.
Văn phòng: Đầu mối hành chính – tổng hợp – truyền thông nội bộ của Viện.